<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2003年7月，[[立法院]]臨時會進行《農業金融法》朝野協商，因為全國農漁會自救會理事長忘記把[[台聯]]列在感謝名單中，[[錢林慧君]]氣 憤 得在[[台聯]]立法院黨團辦公室大摔朝野協商版本，揚言若不把[[台聯]]列進去她就不簽字，讓拿著朝野協商版本前來的[[民主進步黨]]立法委員[[邱太三]]連忙打電話請立法院長[[王金平]]務必要求全國農漁會自救會理事長記得感謝[[台聯]]，才讓《農業金融法》順利完成朝野協商。2003年10月25日，民主進步黨舉辦1025公投大遊行，傳出 [[ 錢林慧君 ]] 與同屬臺南市選出的 [[ 民主進步黨 ]] 立法委員[[王幸男]]為 了爭奪「總指揮」頭銜而不睦。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">[[2004年立法委員選舉]] ， [[ 錢林慧君 ]] 落選 。[[2005 。2005 年任務型國代選舉]] 時， [[ 錢林慧君 ]] 接受 [[ 台聯 ]]徵召 提名參選 [[ 國民大會 ]] 代表，並排名第七位當選國 民大會代表。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2005年， [[ 台聯 ]] 徵召 [[ 錢林慧君]]參選[[ 參選 台南市長]]，以「人生最後一場選 舉 戰 」做號召，[[民進黨]]提名[[許添財]]，泛綠分裂的情況下得票12.95%落選。之後，在 [[ 台聯 ]] 第三任主席[[黃昆輝]]的邀請下， [[ 錢橙山 ]] 出任台聯秘書長，接替參選[[高雄市 長]] 長 失利的 [[ 台聯 ]] 立法委員[[羅志明]]； [[ 錢林慧君 ]] 也隨 [[ 錢橙山 ]] 北上。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">[[2008年立法委員選舉]] ， [[ 錢林慧君 ]] 接受 [[ 台聯 ]]徵召 提名參選不分區立委，為 [[ 台聯 ]] 不分區立委參選人第五名。2008年1月4日下午， [[ 錢林慧君 ]] 到[[台 南地檢署]]遞狀控告當時公開呼籲選民「拒絕投票給 [[ 台聯 ]] 」的 [[ 民主進步黨 ]] 前主席[[游錫堃]]、[[台灣南社]]社長 [[ 鄭正煜 ]] 、[[台灣北社]]社長張學逸、[[台灣北社]]副社長[[金恆煒]]、[[台灣中社]]社長 [[ 戴正德 ]] 、[[台灣社]]副社長[[余文儀]]、台灣社秘書長[[羅致政]]、[[台灣客社]]社長張葉森等八人「意圖使人不當選」，並高喊「要死大家一起死」，將發動支持者不要投票給[[民進黨]]區域立法委員候選人。2008年1月12日，開票結果， [[ 錢林慧君 ]] 落選。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年2月28日 ，[[2008 ，2008 年總統選舉]] 候選人[[馬英九]]親訪 [[ 錢橙山 ]] 與 [[ 錢林慧君 ]] ，之後 [[ 錢林慧君 ]] 與 [[ 錢橙山 ]] 公開支持 [[ 馬英九 ]] 。或許是因為 [[ 錢林慧 君 ]] 與 [[ 錢橙山 ]] 的支持，馬在台南市的得票小贏6,219票。但 [[ 錢林慧君 ]] 因此舉違背[[台聯]]決議，於2008年4月23日遭 [[ 台聯 ]] 註銷黨籍。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年6月13日，總統馬英九提名錢林慧君為[[監察委員]]，以同意61張、不同意40張、無效票10張通過。2008年6月23日，[[泛綠]]揚言在 審查監察委員被提名人時封殺錢林慧君，錢林慧君說：「我是最不投機的人。所以我離開一個黨的時候，我都是因為『黨在變』我才離開。格調是怎麼算的？我不太了解。還是他們自己放話的人

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年7月2日， [[ 錢林慧君 ]] 在[[立法院會議]]表示，她過去是泛綠中的深綠、也希望[[台灣 ]] 獨立建國]] ；但她後來發現「統獨根本就是假議題 」、「 [[ 台灣 ]] 已經是主權獨立國家」、「 [[ 民主進步黨 ]] 也做不到[[ 正名]] 制憲」，加上她對「政治惡鬥」、「藍綠對決」及「分裂族群」深惡痛絕，才認為國家需要[[ 政黨輪替]] 、共同拚經濟；民主 進步黨立法委員[[李俊毅]]、[[管碧玲]]說她「政治變色龍」、「藍綠通吃」，是對她人格最大侮辱；她到 [[ 監察院 ]] ，是想利用監察委員的調查權及糾彈權，糾正過去[[行政院]]一些不依[[立法院]]通過決議及預算執行的違法事實。同日， [[ 錢林慧君 ]] 答覆 [[ 民主進步黨 ]] 立法委員[[蔡煌瑯]]質詢時答覆， [[ 民進黨 ]] 前主席[[謝長廷]] 認為 很好，她也一直沒變，她當初曾告訴[[馬英九]]「自己仍主張台灣 是主權獨立國家」，她在統獨議題上未與 [[ 馬英九 ]] 有一致理念。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年8月1日， [[ 錢林慧君 ]] 就任為第4屆監察委員（2008.08.01~2014.07.31）。2008年8月5日， [[ 錢林慧君 ]] 申請調查[[臺南縣麻豆鎮總爺國民小 學]]廢校案。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2012年8月， [[ 錢林慧君 ]] 說，2001年到2004年的「漁港建設計畫」與後來的「漁業多元化經營建設計畫」，「11座漁港共爭取到（[[新台幣]] ）10）10.5億元的經費，但是後來大多荒廢、變成『蚊子漁港』。這些都是人民的血汗錢 吶 ，卻被這樣給糟蹋掉了。」</p>