<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2000年6月至2004年5月任 職 「國家安全會議」諮詢委員。2004年12月當選第6屆台聯不分區立法委員 ，[[2008 ，2008 年中華民國立法委員選舉]] [[ 賴幸媛 ]] 排名台聯不分區立委名單第三位，但 [[ 台聯 ]] 政黨票共得三十四萬四千八百八十七票，得票率3.53%，並未被分配到席次， [[ 賴幸媛 ]] 連任失利。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年[[2008年 中華民國 ]] 總統選舉]] 後[[馬英九]]當選[[總統]]，在 [[ 台聯 ]] 「維護國家尊嚴、照顧全民利益、彰顯[[台灣主體性]]」等三大前提原則 之下， [[ 賴幸媛 ]] 於2008年5月20日起加入[[劉兆玄 ]] 內閣]] ，任[[行政院大陸委員會]]（陸委會）主任委員，成為 [[ 劉兆玄 ]] 內閣的閣員。但因 [[ 賴幸媛 ]] 的本土與倒扁背景曾引發藍綠雙方的議論，[[中國國 民黨]]與[[民主進步黨]]有些立委甚至認為 [[ 賴幸媛 ]] 不適任，當時準閣揆[[劉兆玄]]也曾一度認為可能會對新內閣造成影響。但在 [[ 馬英九 ]] 的力挺下， [[ 賴幸媛 ]] 同時召開記者會表示會完全認同馬[[ 蕭]] 的兩岸政策，並退出 [[ 台聯 ]] 黨務活動維持行政中立。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px"> [[ 賴幸媛 ]] 就任不久就因太常提及[[九二共識]]引來 [[ 台聯 ]] 的關切，2008年6月9日 [[ 台聯 ]] 黨主席[[黃昆輝]]拜會陸委會， [[ 黃昆輝 ]] 當面提及：「沒有九 二共識，若要提九二共識就別忘了一中各表。」幾天後的一場公開演講裡， [[ 賴幸媛 ]] 事先擬好的演講稿九二共識的字眼沒說出口，引發媒體揣測。往後演說講話一中各表 [[ 賴幸媛 ]] 也時常擺在九二共識 前頭；對此， [[ 賴幸媛 ]] 重申：「一中各表就是九二共識，九二共識就是一中各表；沒有任何問題和疑慮。」</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2008年10月14日，因 [[ 台聯 ]] 無法認同 [[ 馬英九 ]] 的兩岸政策，並認為[[ 海峽兩岸經濟合作架構協議]] 應該付諸公民投票，中執會做出決議希望 [[ 賴幸 媛 ]] 在三天內辭去陸主委職務，否則將開除黨籍。三個小時後 [[ 賴幸媛 ]] 主動退出 [[ 台灣團結聯盟 ]] 。對此， [[ 台聯 ]] 黨主席 [[ 黃昆輝 ]] 表達失望，並說 [[ 台聯 ]] 仍將開除賴幸媛黨籍。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2009年10月23日， [[ 賴幸媛 ]] 表示兩岸協商最重要的基礎是「擱置爭議」。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2012年9月，轉任駐[[世界貿易組織]]代表團代表。2016年政黨輪替後提出辭呈，新任總統[[蔡英文]]於7月14日准辭，[[總統府]]公佈辭職 生效後，[[外交部]]人事處表示已安排9月30日移交。</p>