1593 年戰亂暫歇，宣祖還都，然而戰亂造成的飢荒及疫病，使整個社會處於窮困不安的狀態。朝廷忙著救濟民生，御醫專心治療越來越多的患者。更糟的是不可勝數的國寶及珍貴書籍，亦在戰火中毀壞殆盡，宣祖因此在 1596 年（宣祖２９年）命令許浚重新整理所有的醫書。

　　許浚與太醫們在內醫院成立了編輯局，運用深入淺出的文字，建立一套醫療體系。他們花了一年的時間，才決定出編輯方向，然而此時倭兵再度入侵（丁酉再亂），編輯局的工作不得不停止。許浚卻未忘記自己的使命，對醫書編輯始終念茲在茲。

1598 年（宣祖３１年），為期７年的壬辰倭亂終於結束，宣祖授命許浚一人專心進行醫書的編撰，並在 1606 年（宣祖３９年）冊封許浚為陽平君以及崇綠大夫。不過司諫院卻以許浚出身中產階級為由而反對，他的官職因此被取消。其實庶子出身的許浚，本來就沒想過高官厚祿，他對此並無不滿，只感謝王的大恩，並對負責醫書編撰一事，快馬加鞭進行。

　　人生總是起起伏伏，忠貞不二的御醫許浚也不例外。真心支持他的宣祖不幸在 1608 年（宣祖４１年）突然發病駕崩，得年５７歲。那時醫書的編撰還不到一半，許浚則被歸咎於治療疏失而暫時被罷官，第二年被流放謫居。