1598 年（宣祖３１年），為期７年的壬辰倭亂終於結束，宣祖授命許浚一人專心進行醫書的編撰，並在 1606 年（宣祖３９年）冊封許浚為陽平君以及崇綠大夫。不過司諫院卻以許浚出身中產階級為由而反對，他的官職因此被取消。其實庶子出身的許浚，本來就沒想過高官厚祿，他對此並無不滿，只感謝王的大恩，並對負責醫書編撰一事，快馬加鞭進行。

　　人生總是起起伏伏，忠貞不二的御醫許浚也不例外。真心支持他的宣祖不幸在 1608 年（宣祖４１年）突然發病駕崩，得年５７歲。那時醫書的編撰還不到一半，許浚則被歸咎於治療疏失而暫時被罷官，第二年被流放謫居。

在「東醫寶鑑」還未出現以前，醫生治病一直缺少好用的書籍。代表性的醫書有「鄉藥集成方」、「醫方類聚」、「醫林提要」三本，但是「鄉藥集成方」與「醫方類聚」的內容太宏觀、難以解讀，「醫林提要」則又太簡單，不知如何開處方。這也就是宣祖指示許浚，無論如何都要編撰「東醫寶鑑」的原因。

東醫寶鑑，選方豐富且實用