1963年5月，中国自行研制的第一艘万吨远洋货轮首航到日本海时沉没，根据[[周恩来]]总理的指示，由东海舰队舰艇调查“跃进号”货轮沉没事件。李长如协助陶勇司令员率舰艇编队出海，经18天的艰苦努力，在极为复杂的气象条件下，克服了风大浪急等种种困难，终于圆满完成了新中国海军舰艇编队首次远洋航行执行调查任务，受到党中央、国务院和中央军委的表彰。

1966年12月，李长如调任国家海洋局政委，参与组建国家海洋局。当时全国正处在文化大革命的大动乱之中，