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→戰後時期
戰後[[中華民國國民政府]]接管台灣，由於延續日治強制隔離政策，致使病患愈來愈多，陸續擴建病舍至六十多幢，有近千張病床。1945年，賴尚和代理院長。1946年，吳文龍任院長，採半開放，不禁婚，不結紮。後來治療藥物發明，患者不再需要強制隔離，樂生的病人才逐年減少。陳文資院長時期，在行政大樓第一進的崗哨設有軍人守衛，如發現有院民想跨越鐵絲網逃跑，就會警告或對空鳴槍。院民與世隔絕了數旬年，直到1954年，才撤除鐵絲網，慢慢開放讓院民回家。1956年，院民取得身分證，享有投票權。同年，台灣引進了有麻瘋病特效藥之稱的「[[達普頌|DDS]]」，提供給100名院民試用，但在缺乏醫生指示下服用，有些病友服用過量，破壞[[紅血球]]，使神經痛更加劇烈。
在1940年代末期，[[宣教士]]的力量也進入樂生療養院。1949年，在樂生療養院內的'''聖望教會'''(1952年由孫理蓮宣教士募款興建禮拜堂)擔任義務傳道的蔡信生長老，邀請芥菜種會創辦人[[孫理蓮]](Lillian R. Dickson)宣教士進入院中救助病患。<ref name="愛在">孫理蓮(Lillian Dickson)著.芥菜種會編譯小組譯.[https://www.books.com.tw/products/0010738098 愛在樂生:一位母親歷經艱難，照顧一千個絕望病人的故事]宇宙光出版.2016年12月.頁36-39.ISBN 978-957-727-498-4.</ref>孫理蓮在1950年連結[[芬蘭]]籍宣教士白信德醫師(1909-1979，Signe Berg)入院設立臨時診所，為病患義診；又在1952年後連結「小兒麻痺之父」[[畢嘉士]](Olav Bjørgaas)、「埔里阿公」[[徐賓諾]]（Bjarne Gislefoss）、德國護理師杜愛明等醫療宣教士進入院內，提供院民醫療與物質的資源。<ref name="李貞德">李貞德.[http://www2.ihp.sinica.edu.tw/../file/2201UmmXtXY.pdf 從師母到女宣─孫理蓮在戰後臺灣的醫療傳道經驗]新史學16卷2期.2005年6月.頁116-118.</ref>1954年，孫理蓮在{{le| 基督教先鋒報|Christian Herald}} 負責人[[包霖]]的贊助下，於樂生療養院中成立「工藝所」、「兒童舍」和希望之家，讓兒童病患有獨立的庇護之家，並鼓勵病人在職業治療中重拾人生的尊嚴。<ref name="愛在"></ref><ref> 悲歡樂生 = Outside the world / 張平宜撰文 ; 林國彰, 張蒼松攝影。</ref>
1961年，「台灣省癩病防治規則」訂立，廢止強制隔離，改為門診治療。但因社會的誤解，對於院友購物的金錢、信件都要經過消毒水或清潔手續後才接受。1969年，病舍達61棟，收容1050名病患。1979年，日本船業鉅子、知名[[右翼]]大老[[笹川良一]]捐建「笹川紀念館」。1993年，[[台灣省政府|臺灣省政府衛生處]]曾計畫樂生院整建為「公共衛生中心」，因[[台北捷運|臺北捷運]]相中此地為[[新莊機廠]]預定地而無法轉型。根據部分資料顯示，台北捷運的機廠原本預定於[[輔仁大學|輔大]]後山，但相中樂生有鵝卵沙石的山坡地，因此才改至樂生療養院；新大樓開工，經費來自「癩病防治五年計畫」，共9億3469萬元，原計畫興建適合院民居住與活動的低層、家庭式平房，落成時是兩棟相互隔離的迴龍醫院。