萬里地名的由來，可能是出自於在17世紀時，西班牙人所稱基隆港附近的漢人聚落為『parian』的譯音而來。因其與閩南語之『萬里』音相近。又早期原住民稱此漢人居住的聚落為『vasai』，漢人以近音譯字『瑪鋉』稱之。故萬里區又有『瑪鋉』之名。「瑪鋉」二字是由早期居住在這裡的「馬賽（瑪鋉）族」而來的，也就是凱達格蘭平埔族。 「瑪鋉」說明了這塊土地和萬里人的關係，訴盡萬里地區曾有的滄桑，表現出先人蓽簬藍蔞留下的足跡。直至今日，萬里鄉不論主要道路或溪流都以「瑪鋉」來命名，源於陽明山國家公園，沿汐萬公路，蜿蜒而下清澈的溪流，則被稱為「瑪鋉溪」，於萬里漁港左側出海。由此可見當地人對於這兩個字深厚的情感。 至鄭成功北伐荷蘭人即由萬里加投莊登入，當時由一個福建人洪水閣來此拓墾並經營漁業，發展出萬里的開闢歷史。