南平镇境内河道属凤嘴江流域，其中梅子溪和木渡河流域面积65平方千米，河流总长度13.5千米，年径流总量2300亿立方米。

南平镇主要自然灾害有伏旱、连阴雨、冰雹和地震等；伏旱灾害年均发生0.1次，严重的一次发生在2006年7月，连续干旱60多天，农作物减收40%。