由於東部河川輸砂、堆積量高，[[馬太鞍溪]]進入[[花東縱谷]]後形成[[沖積扇]]地形。東拓前舊台東線繞經沖積扇之[[扇頂]]並以[[橋樑]]方式跨越馬太鞍溪，不僅路線坡度較大，且因河床淤積速度過快，橋梁須時常加高，對列車運行構成威脅。為解決此問題，改採河底隧道 <ref>[https://news.ltn.com.tw/news/local/paper/927420 2河底隧道變景點 縱管處有規劃]，自由時報，2015/10/28</ref> 方式穿越馬太鞍溪，除避免上述淤積問題外，並可降低坡度、改善迂迴線型。東拓工程中，因相同理由而興建的河底隧道尚有[[溪口隧道]]。