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2003年，该刊刊期由半年刊变更为季刊。
2012年，该刊更换了新的电子邮箱 <ref>[http://news.sohu.com/20070920/n252255652.shtml 如何正确使用电子邮箱]，搜狐，2007-09-20</ref> 。
2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。
==荣誉表彰==
《文物保护与考古科学》曾获得上海市优秀科技期刊 <ref>[http://media.people.com.cn/n1/2019/0910/c40606-31347017.html 科技期刊：为国家科技创新助力]，人民网，2019-09-10</ref> 称号。
2014年1月，该刊入选“2013 中国最具国际影响力学术期刊”。