据2018年11月17日[[中国知网]]显示，《北京大学学报（[[医学]]版）》出版文献共9076篇、总被下载999973次、总被引52867次；（2018版）复合影响因子为1.463、（2018版）综合影响因子为1.184。据2018年11月17日万方数据知识服务平台显示，《北京大学学报（医学版）》载文量为4084篇、被引量为29761、下载量为298430；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《中南大学学报（社会科学版）》影响因子为0.486，在全部统计源期刊（6735种）中排第300名，在[[大学]]学报 <ref>[https://www.sohu.com/a/332633914_490575 学报是什么级别 学报都有哪些级别]，搜狐，2019-08-09 </ref> （医药卫生）（114种）中排第1名。

据2018年11月《北京大学学报（医学版）》官网显示，《北京大学学报（医学版）》被美国医学文献分析和联机检索系统（MEDLINE/PubMed）、美国EBSCO、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA）、[[荷兰]]《医学文摘》（EM）、荷兰《文摘与引文数据库》（Scopus）、波兰《哥白尼索引》（IC）、[[俄罗斯]]《文摘杂志》（PЖ）和世界卫生组织《医学增补文摘》（ExtraMED）收录、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（Western Pacific Region Index Medicus）、日本科学技术振兴机构文献数据库（JST）、中国科技核心期刊数据库、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国生物医学文献数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）和《中文核心期刊要目总览（1992年第一版、1996年第二版、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）》、《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国药学文摘》和《中国学术期刊文摘》（CSA）、万方数据知识服务平台、[[中国期刊网]] <ref>[https://www.sohu.com/a/440975157_120237341 中国期刊网收录的论文能评职称吗]，搜狐，2020-12-28</ref> 和中国学术期刊网络出版总库（CNKI）等中国国内外数据库收录。