据2020年3月6日中国知网显示，《东南大学学报（医学版）》共出版文献5486篇、总被下载555410次、总被引21857次，（2019版）复合影响因子为1.359、（2019版）综合影响因子为1.238。据2020年3月6日万方数据知识服务平台显示，《东南大学学报（医学版）》共载文5248篇、基金论文 <ref>[https://www.sohu.com/a/474000534_121124215 基金论文两手都要抓！这个暑假你或许需要这几点忠告！] ，搜狐，2021-06-25</ref> 量为1695篇、被引量为20493次、下载量为219555次，2017年影响因子为1.23。

2003年，该刊刊期由季刊改为双月刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/218634711_490575 发行周期月刊和双月刊差别]，搜狐，2018-01-24</ref> 。