2014年12月，该刊成为原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/359669300_120167490 你真的了解学术期刊吗] ，搜狐，2019-12-11 </ref> 。

《济宁医学院学报》设专家论坛、博士论坛、基础医学、临床医学 <ref>[https://www.sohu.com/a/451608861_507633 你真的了解临床医学专业吗？想学医的同学一定要看！] ，搜狐，2021-02-19 </ref> 、公共卫生、护理、综述、医学教育、方法·技术、调查等栏目。