2003年1月， 《第三军医大学学报》刊期改为半月刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/115007606_490575 是不是半月刊期刊发表时间更短?]，搜狐，2016-09-24 </ref> 。

《第三军医大学学报》被中国精品科技期刊、中国百种杰出学术期刊、第二、三届国家期刊奖百种重点科技期刊、中国高校精品科技期刊、中国自然科学类核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库（CSCD）核心库收录期刊、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）收录期刊、美国《化学文摘》（CA）收录期刊、波兰《哥白尼索引》（IC）收录期刊、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》 <ref>[https://www.sohu.com/a/133442507_612400 推荐|国图最常用的10个文献数据库]，搜狐，2017-04-12</ref> （JST）收录期刊、《西太平洋地区医学索引》（WPRIM）收录期刊、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich PD）收录期刊 等中国国内外数据库收录。