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2005年，经中华人民共和国教育部批准，西南师范大学和西南农业大学合并组建[[西南大学]]。
2006年，经[[国家新闻出版总署]] <ref>[http://news.sohu.com/20080725/n258377619.shtml 国务院下发国家新闻出版总署新“三定”规定]，搜狐，2008-07-25</ref> 批准，《西南农业大学学报》（自然科学版）更名为《西南大学学报》（自然科学版）。
2007年，该刊由双月刊改为月刊。
2014年，获2014年度百种[[中国]]杰出学术期刊。
获“第3届中国精品科技期刊 <ref>[http://media.people.com.cn/n1/2019/0910/c40606-31347017.html 科技期刊：为国家科技创新助力]，人民网，2019-09-10</ref> ”称号。
2015年，获“第三届中国高校科技期刊优秀网站”称号。