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1347年，蒙古[[金帐汗国]][[札尼别|札尼别汗]]一度围攻卡法，蒙古人把死亡的鼠疫病人尸体用投石机投入卡法城，后来一名热那亚商人把鼠疫带回意大利，从而引发欧洲[[黑死病]]大瘟疫。这有可是历史上第一次[[生物战]]。但当时守城部队拥有火炮，射程1千米，因此投石机说可以存疑。而且自金帐汗国至欧洲还有很多水路和陆路贸易路线，欧洲的黑死病也不一定是仅仅由卡法带去。
在这之后，卡法逐渐恢复并再次繁荣。15世纪30年代，西班牙旅行者{{link-en| 佩德罗·塔福尔|Pedro Tafur}} 来到了这里，并将其描述为一个繁荣的，文化多元的大都市。1462年，卡法宣称受到了波兰国王[[卡齐米日四世·雅盖隆契克]]的安全保障，但当卡法受到[[奥斯曼帝国]]的攻击时，波兰并未提供援助。
===卡法（奥斯曼帝国）时期===
自从[[君士坦丁堡的陷落]]，[[奥斯曼帝国]]将扩张的注意力转移到黑海沿岸的其他地方上来，包括[[特拉比松帝国]]、[[阿瑪斯拉]]以及卡法等地。奥斯曼帝国伺机而动。
1900年，在费奥多西亚发现了[[通风井#齐波尔德收集器|齐波尔德收集器]]，建造于古希腊时期，是人类历史上最早的通风井。
二战期间，费奥多西亚被纳粹德国占领，自1944年11月16日至12月15日，[[别动队]]杀害了该市3,248名犹太人。一名 被{{link-en|YIU|Yahad-In Unum}} 被YIU 采访的证人描述了犹太人是如何被集中起来：“城市里张贴了海报，海报上讲犹太人必须携带三天的食物自首，他们将会被送到以色列（最后当然没有）。”为了纪念这段历史，在Kerchensky和Symferopolsky高速公路的十字路口，人们为[[犹太人大屠杀]]的遇难者树立了一座纪念碑。但这座纪念碑却屡遭破坏。
由于在二战期间，当地的鞑靼人与纳粹合作，反对苏联并参与了犹太人种族灭绝，斯大林当局决定将全体当地鞑靼人流放至[[哈萨克斯坦]]、[[乌兹别克斯坦]]等中亚地区，这是克里米亚最重大的种族清洗事件。
==现代的费奥多西亚==
今天的费奥多西亚是一个旅游城市。这里有美丽的海滩、矿泉、泥浴、休养所和疗养院。除了旅游业，费奥多西亚的农业和渔业也比较发达，当地工业主要包括酿酒和罐头制造。从民族上来讲，当地与克里米亚其他地区类似，俄罗斯人占大多数 ，乌克兰语使用频率很低。2006年，当地发生了反北约抗议游行。
与克里米亚其他地区以鹅卵石为主的海滩不同，在费奥多西亚有一处小贝壳构成的“黄金海岸”（Zolotoy Plyazh），绵延15千米长。
费奥多西亚的商业和旅游旺季为六月中旬到秋季，其中在七八两月达到顶峰。如同其他地处克里米亚的旅游城市，这里的游客大多来自[[独联体]]。著名的海景画画家[[伊凡·康斯坦丁诺维奇·艾瓦佐夫斯基]]一生住在这里。作家[[亚历山大·格林 (作家)|亚历山大·格林]]的晚年也度过于此。著名的景点有{{link-en| 艾伊瓦佐夫斯基国家美术馆|Aivazovsky National Art Gallery}} 和热那亚时代的城堡。