* 1990年，擔任臺北市政府警察局刑事警察大隊副隊長，偵辦當年震驚社會的新光少東[[吳東亮]]1億元綁架案，親自逮捕主嫌胡關寶。<ref>{{cite web|url=https://www.youtube.com/watch?v=cE2Z6pTL5vQ | title=鬥智侯友宜 胡關寶死牢求生|date=2018-07-01 |website=台灣啟示錄 }}</ref><ref>{{cite web|url=https://tw.appledaily.com/headline/daily/20060307/22451069 | title=拜亡魂翻舊案 兇手現形|date=2006-03-17 |website=蘋果日報 }}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.cmmedia.com.tw/home/articles/11617 | title=人物專訪》槍口下倖存的戰警 侯友宜想要讓台灣重回有情有義|date=2018-09-04|website=信傳媒 }}</ref>

* 1992年，擔任第一次[[獵龍專案]]指揮官，圍捕犯下50多起綁架殺人案，綽號「宜蘭龍」的頭號槍擊要犯[[陳新發 (罪犯)|陳新發]]，於吳興街發動強力攻堅，擊發約2千顆子彈，最後引發公寓爆炸，陳新發和黨羽陳根龍、張耀天一起燒死於屋內，當年創下台灣警匪槍戰開槍次數最多的紀錄。<ref>{{cite web|url=http://news.ltn.com.tw/news/society/paper/25107 | title=15年抓3條龍 2警殉識|date=2005-07-15 |website=自由時報 }}</ref><ref>{{cite web|url= https://www.youtube.com/watch?v=faAwCRk4kPM | title=陳新發砍老大、殺警察 侯友宜丟震撼彈、2000發子彈的獵龍專案！？|date=2013-09-04 |website=關鍵時刻2300 }}</ref><ref>{{cite web|url= https://news.cts.com.tw/cts/society/201012/201012070625822.html| title=【法網專題】民國八十一當街槍殺兩刑警 宜蘭龍陳新發|date=2010-12-07 |website=華視新聞 }}</ref>

* 1995年，擔任[[內政部警政署刑事警察局]]偵查隊隊長，後轉任臺北市政府警察局刑事警察大隊隊長。1996年偵辦[[宋七力]]宗教斂財案，讓[[宋七力]]坦承詐騙。<ref>{{cite web|url= https://tw.appledaily.com/headline/daily/20051130/22236259| title宋七力詐財案 更一審判無罪|date=2005-11-30 |website=蘋果日報 }}</ref><ref>{{cite web|url= https://news.tvbs.com.tw/other/409036| title遭監院糾正　侯友宜：公道自在人心|date=2003-07-09 |website=TVBS新聞 }}</ref>

* 1997年，擔任臺北市刑警大隊隊長與臺北市警察局和0414專案小組共同偵辦[[白曉燕命案]]，於臺北市龍江路、[[五常街]]圍捕兇嫌[[林春生]]、[[陳進興 (台灣罪犯)|陳進興]]和[[高天民]]，並於臺北市[[石牌 (臺北市)|石牌路]]緝拿高天民，高天民[[飲彈]][[自盡]]。在[[南非]][[武官]]卓懋棋挾持事件中，當時的刑事局長[[楊子敬]]主張攻堅，侯友宜則認為可先嘗試談判，因此單獨爬入官邸斡旋，帶出受傷的卓懋棋、大女兒梅蘭妮。經過媒體連續七個小時對陳進興電話連番轟炸後，侯友宜用陳進興妻子張素貞作為交換，抱出卓懋棋領養的七個月大的男嬰，其後陳進興指名要與[[謝長廷]]談判，謝長廷在侯友宜陪同下進入官邸談判，承諾為陳進興妻子張素貞辯護，成功安撫陳進興情緒，帶出卓懋棋的小女兒克莉絲汀，並請來監察委員葉耀鵬當面接受陳進興夫婦陳情，陳進興終於棄械投降。<ref>{{cite web|url= http://forums.chinatimes.com/report/swallow/86111901.htm| title=陳進興挾人質頑抗 闖入南非武官家　挾持六人槍傷二人 |date=1997-11-19|website=中國時報 }}</ref><ref> {{Cite book | author = 卓懋祺| title = 真愛─南非武官VS.陳進興的故事| publisher = 文經社| date = 2001-03-30}} </ref> <ref>{{cite web|url= https://www.youtube.com/watch?v=SZ7uDtStjKI&t=199s | title=台灣演義：除暴英雄‧侯友宜 下集(2/4)|date=2012-05-31 |publisher = 民視新聞台}}</ref><ref>{{cite web|url= https://www.youtube.com/watch?v=TG986EKWbfg&t=195s |title=台灣演義：除暴英雄‧侯友宜 下集(3/4)|date=2012-05-31 |publisher= 民視新聞台}}</ref>