* 1992年，擔任第一次[[獵龍專案]]指揮官，圍捕犯下50多起綁架殺人案，綽號「宜蘭龍」的頭號槍擊要犯[[陳新發 (罪犯)|陳新發]]，於吳興街發動強力攻堅，擊發約2千顆子彈，最後引發公寓爆炸，陳新發和黨羽陳根龍、張耀天一起燒死於屋內，當年創下台灣警匪槍戰開槍次數最多的紀錄。<ref>{{cite web|url=http://news.ltn.com.tw/news/society/paper/25107 | title=15年抓3條龍 2警殉識|date=2005-07-15 |website=自由時報 }}</ref><ref>{{cite web|url= https://www.youtube.com/watch?v=faAwCRk4kPM | title=陳新發砍老大、殺警察 侯友宜丟震撼彈、2000發子彈的獵龍專案！？|date=2013-09-04 |website=關鍵時刻2300 }}</ref><ref>{{cite web|url= https://news.cts.com.tw/cts/society/201012/201012070625822.html| title=【法網專題】民國八十一當街槍殺兩刑警 宜蘭龍陳新發|date=2010-12-07 |website=華視新聞 }}</ref>

* 1994年，擔任[[內政部警政署刑事警察局]]督導，參與調查發生於[[中國大陸]]境內的[[千島湖事件]]。<ref>{{cite web|url= https://www.chinatimes.com/newspapers/20160831000584-260102| title=國道火燒車調查沒下文　侯友宜臉書po文盼公布真相|date=2016-08-30 |website=蘋果即時新聞 }}</ref>

* 1997年，擔任臺北市刑警大隊隊長與臺北市警察局和0414專案小組共同偵辦[[白曉燕命案]]，於臺北市龍江路、[[五常街]]圍捕兇嫌[[林春生]]、[[陳進興 (台灣罪犯)|陳進興]]和[[高天民]]，並於臺北市[[石牌 (臺北市)|石牌路]]緝拿高天民，高天民[[飲彈]][[自盡]]。在[[南非]][[武官]]卓懋棋挾持事件中，當時的刑事局長[[楊子敬]]主張攻堅，侯友宜則認為可先嘗試談判，因此單獨爬入官邸斡旋，帶出受傷的卓懋棋、大女兒梅蘭妮。經過媒體連續七個小時對陳進興電話連番轟炸後，侯友宜用陳進興妻子張素貞作為交換，抱出卓懋棋領養的七個月大的男嬰，其後陳進興指名要與[[謝長廷]]談判，謝長廷在侯友宜陪同下進入官邸談判，承諾為陳進興妻子張素貞辯護，成功安撫陳進興情緒，帶出卓懋棋的小女兒克莉絲汀，並請來監察委員葉耀鵬當面接受陳進興夫婦陳情，陳進興終於棄械投降。<ref>{{cite web|url= http://forums.chinatimes.com/report/swallow/86111901.htm| title=陳進興挾人質頑抗 闖入南非武官家　挾持六人槍傷二人 |date=1997-11-19|website=中國時報 }}</ref><ref> {{Cite book | author = 卓懋祺| title = 真愛─南非武官VS.陳進興的故事| publisher = 文經社| date = 2001-03-30}} </ref> <ref>{{cite web|url= https://www.youtube.com/watch?v=SZ7uDtStjKI&t=199s | title=台灣演義：除暴英雄‧侯友宜 下集(2/4)|date=2012-05-31 |publisher = 民視新聞台}}</ref><ref>{{cite web|url= https://www.youtube.com/watch?v=TG986EKWbfg&t=195s |title=台灣演義：除暴英雄‧侯友宜 下集(3/4)|date=2012-05-31 |publisher= 民視新聞台}}</ref>

* 1998年，升任[[內政部警政署刑事警察局]]副局長。