龚廷贤出身于医学世家，自幼随父学医，勤奋攻读研习《内经》、《难经》等医学经典，博通金元时期的诸家学说，同时还经常求教于名医名家，曾隐居于家乡的云林中，因号云林。埋头研究医学，著成《种杏秘方》和《万病回春》等书。明万历二十一年（1593年），被荐入御医院任太医。龚氏一生著作甚多，计有《万病回春》8卷（1587年），《寿世保元》10卷（1615年），《小儿推拿秘旨》（1604年），《药性歌括四百味》，《药性歌》1卷，《种杏仙方》4卷（1581年），《鲁府禁方》4卷（1594年），《医学入门万病衡要》6卷（1655年），《复明眼方外科神验全书》6卷（1591年），《云林神彀》（1591年），《新刊医林状元济世全书》8卷（1616年），《古今医鉴》16卷。另外，已佚作品有《痘疹辨疑全幼录》3卷，《秘授眼科百效全书》3卷，《云林医圣普渡慈航》8卷，《医学准绳》4卷。