大涌谷站目前的站體是於2013年4月22日開始營業<ref name="new-stn-pr">{{Cite press|url=[http://www.odakyu.jp/program/info/data.info/7917_6548208_.pdf|script-title=ja: 箱根ロープウェイ 大涌谷駅舎建替え工事　２０１３年４月２４日（水）完成　雄大な景観に調和したデザインと自然環境保護へ配慮した新駅舎|publisher= ]， 小田急|language=ja|date=2013，2013-02-14|accessdate=2018-11-29|archive-date=2013-07-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20130722005752/http://www.odakyu.jp/program/info/data.info/7917_6548208_.pdf|dead-url=no}}</ref><ref name="new-stn-twnnw">{{Cite news|url=[https://www.townnews.co.jp/0609/2013/05/03/186467.html|agency=TOWNNEWS|date=2013-05-03|accessdate=2018-11-29|language=ja|script-title=ja: まるで建物全体が展望台　大涌谷駅舎オープン|archive]，TOWNNEWS，2013-date=201805-11-30|archive-url=https://web.archive.org/web/20181130071451/https://www.townnews.co.jp/0609/2013/05/03/186467.html|dead-url=no}}</ref>，站體地下一層、地上兩層共三層<ref name="new-stn-pr"/><ref name="new-stn-twnnw"/> ，採用了LED照明及風力發電等環保設計<ref name="new-stn-pr"/> 。一樓主要為乘車處和售票等纜車營業設施<ref name="stn">{{Cite web|url=[https://www.hakoneropeway.co.jp/station/ohwakudani/|script-title=ja: ロープウェイの乗車案内 - 箱根ロープウェイ|publisher= ]， 箱根空中纜車|language=ja|accessdate=2018，2018-11-29|archive-date=2018-11-30|archive-url=https://web.archive.org/web/20181130030417/https://www.hakoneropeway.co.jp/station/ohwakudani/|dead-url=no}}</ref>，二樓為餐廳「大涌谷車站食堂」<ref name="stn"/>，各樓層均以電梯連接<ref name="new-stn-pr"/> 。該站也安裝了往返早雲山站路段的絞盤機等動力設備<ref name="kaisetsu" /> 。