大涌谷站目前的站體是於2013年4月22日開始營業<ref>[http://www.odakyu.jp/program/info/data.info/7917_6548208_.pdf 箱根ロープウェイ 大涌谷駅舎建替え工事　２０１３年４月２４日（水）完成　雄大な景観に調和したデザインと自然環境保護へ配慮した新駅舎]，小田急，2013-02-14</ref><ref>[https://www.townnews.co.jp/0609/2013/05/03/186467.html まるで建物全体が展望台　大涌谷駅舎オープン]，TOWNNEWS，2013-05-03</ref>，站體地下一層、地上兩層共三層，採用了LED照明及風力發電等環保設計。一樓主要為乘車處和售票等纜車營業設施<ref>[https://www.hakoneropeway.co.jp/station/ohwakudani/ ロープウェイの乗車案内 - 箱根ロープウェイ]，箱根空中纜車，2018-11-29</ref>，二樓為餐廳「大涌谷車站食堂」<ref name="stn"/> ，各樓層均以電梯連接。該站也安裝了往返早雲山站路段的絞盤機等動力設備。