上海市交通运输行业协会设有十个分支机构 <ref>[https://www.sohu.com/a/231985972_221394 分支机构那些事，一文全明白！]，搜狐，2018-05-17</ref> ，分别是职教与质量工作委员会、交通运输安全工作委员会、技术标准与智能交通工作委员会、交通节能减排工作委员会、运输与物流专业委员会、港航运输专业委员会、国际集装箱运输专业委员会、国际集装箱仓储专业委员会、轨道交通专业委员会、监管车辆专业委员会。上海市交通运输行业协会的日常办事机构为秘书处，秘书处设四部一室，即联络部、培训部、咨询部、编辑部、办公室。上海市交通运输行业协会的办公地点为黄陂北路9号福地大酒店15楼。

第三条 本会的宗旨是：以邓小平理论、“三个代表”重要思想 <ref>[https://www.sohu.com/a/468565300_121106869 【党史专栏】“三个代表”重要思想] ，搜狐，2021-05-25</ref> 和科学发展观为指导，依据国家法律法规和经济发展战略，充分发挥自身桥梁纽带和联系广泛的优势，加强为政府、行业、企业和社会的服务工作，遵守社会道德风尚，维护会员合法权益，保障行业公平竞争，在促进本市交通运输事业又好又快和可持续发展中发挥积极作用，为把上海建成现代化国际大都市而努力奋斗。