崇武港又是我省赴西非远洋渔业捕捞船队的重要基地。港区现有1000吨级突堤式砼码头1座，长85米，前沿水深5．5米，仓库1100平方米。主要承担当地所需的煤炭和粮食进口，砂石料、石雕等物资的出口任务。

1979崇武港被国务院宣布为福建沿海首批台湾船只停靠点及对台贸易港口。1981年2月26日，“台轮”顺进益二号“以贸易为目的来到崇武港，做成了1950年以来大陆和台湾的第一宗民间贸易，此后，来崇武港的台湾船只，不但数量增加而且80%以上是以贸易为目的，大陆的产品又通过崇武开始进入台湾。1987年10月台湾当局撤消对台湾海峡的戒严令后，崇武与台湾的贸易交往进一步发展。为了方便台湾渔轮前来停靠和台胞上岸旅游访亲，福建省政府早在1988年即把崇武列为全省沿海建设的重点区域。至今，已先后建成全国首座对台贸易专用码头，并扩建了台轮避风港以及红十字会救护站，台胞接待站等设施。1990年以来，每年来崇武港停靠的台湾船只都在500艘次以上，最高年份达近千艘次每年的贸易额达几百万美元。