晚年與[[斯波義銀]]、[[山名豐國]]等，成為[[太閣]]豐臣秀吉[[御伽眾]]的成員，受到太閣的親近。1597年（[[慶長]]2年）在大坂逝世，享壽61歲。

*一些日本的逸話記載：實現日本統一的[[豐臣秀吉]]，因是平民出身，曾要求成為足利義昭的養子，以便取得武家身份建立幕府政權，但為足利義昭拒絕。這個說法最早出自日本儒學家[[林羅山]]，但沒有證據表明這是事實。2011年的[[NHK大河劇|大河劇]]《[[江～公主們的戰國～]]》中採用了這個傳說，將足利義昭稱為「先將軍」，這與史實不符。

*一些以[[織田信長|信長]]及其家臣為主人公的作品中，把足利義昭描繪成精神耗弱的一個昏君。事實上足利義昭身體健全，而日益壯大的[[信長包圍網]]顯示他的政治水平。