教区于1579年2月6日建立，当时隶属墨西哥总教区，负责管理西班牙在亚洲殖民地的教务。1595年8月14日升为总教区。第一位国籍主教于1949年就职。著名总主教包括菲律宾首位国籍枢机鲁福·桑托斯以及人民力量革命的精神领袖辛海棉枢机。

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