植物比较胚胎学是指比较分析各类植物胚胎特征，以探讨不同分类单位植物的亲缘关系的分支学科。植物比较胚胎学是20世纪初，在描述胚胎学的基础上发展起来的。

植物胚胎学是一门研究植物胚胎的形成和发育的学科。它是胚胎学的分支学科。关于植物胚胎的概念，早在公元前3世纪《植物研究》一书中就提到了海枣（phoenixdactylifera）的传粉作用。但是关于植物体的发育，直到17世纪下半叶，当显微研究获得成就后，才确定下来。当时产生了“预成说”和“渐成说”的个体发育理论。19世纪30年代细胞学说建立和此后植物生理学和生物化学的发展，使植物胚胎学日趋成熟。奥地利植物胚胎学家K.施拉夫于1929，1931，1933年对被子植物和裸子植物的胚胎学研究分别作了经典总结，为植物比较胚胎学奠定了基础。1950年美国植物胚胎学家D.A.约翰森概括了被子植物胚胎发生的规律和类型；印度植物胚胎学家P.马赫什瓦里提出了12个对确定被子植物类群具有重大价值的胚胎学特征。1955年英国植物形态学家C.W.瓦德洛对各类群植物的胚胎发育作了扼要的分析。澳大利亚植物胚胎学家G.L.戴维斯1966年系统地收集了关于《被子植物系统胚胎学》的研究文献，并分科属作了扼要的叙述。1976年苏联植物胚胎学家..波杜布娜亚-阿诺尔迪,1978年印度植物胚胎学家H.辛格，又先后总结了这方面的最新成就。

100多年的研究证明,在被子植物分类上有价值的胚胎特征有：①花药和：包括小孢子囊数目，药壁发育类型；药室内壁与毡绒层；小孢子形成与四分体类型；雄配子体发育。②胚珠：包括胚珠类型；珠被及其附属物；珠被毡绒层；维管组织与珠心。③大孢子与卵的发生：包括孢原组织；四分体类型;有效大孢子的位置;大孢子的发生与雌配子体发育图式；成熟雌配子体与吸器等。④与胚胎发生：包括花粉管的生长途径；类型；胚胎发育类型；珠心组织的命运；种皮的来源与结构。⑤和等。运用胚胎学资料解决分类问题的例子很多。柳叶菜科的植物全部为单孢4核胚囊,经研究发现菱属(Trapa)植物为8核胚囊，考虑到该属与本科植物在胚胎发育方面有许多不同特点，因而把菱属从柳叶菜科中分出，单独成立新科──菱科。一般认为，至少对于某些性状来说，一种占优势的类型代表基本的或较原始的方面，而其余则是衍生的或特化的。下列胚胎学性状是比较原始的表现:花粉具4个小孢子囊；2细胞花粉;倒生胚珠；2层珠被；厚珠心胚珠,具复孢原，蓼型胚囊；合点端大孢子具功能；不具珠被毡绒层等。

对裸子植物的胚胎学研究表明，下列特征对探讨裸子植物系统演化具有重大意义：①雄配子体发育：包括花粉形态；传粉时细胞数目；精子结构。②雌配子体发育：包括雌配子体游离核分裂次数；颈卵器数目；颈卵器的结构和位置；是否具腹沟细胞或核。③原胚：包括原胚游离核数目；原胚发育类型；有无裂生多胚。④成熟胚：包括子叶数目，成熟胚的结构等。裸子植物雌雄配子体和原胚发育的演化一般是从复杂趋向简单。例如就原胚游离核分裂次数而言,由苏铁和银杏的10次与8次，到南洋杉和部分罗汉松减少至6次与5次，杉科和柏科植物为3次。