1958年3月至1962年7月，气象部门实行双重领导以地方领导为主的体制。根据中央体制下放的精神，各级气象站人、财、物下放各级人民政府领导。自治区气象局与地、县气象部门为业务指导关系。 1958年5月， 经自治区党委农村工作部批准，南宁气象台与自治区气象局合并，两块牌子，一套机构。 1959年8月27日， 自治区人民委员会批准，自治区气象局设秘书科、财务管理科、干部宣教科，编制定员30人。 1960年4月19日， 经自治区人民委员会批准，自治区气象局发出《关于所属机构调整的通知》，自治区气象局办公室下设秘书科、人事科、计划财务科。

1962年，中央气象局吸取前一个时期权力下放过多，人、财、物管理不便，业务工作有所削弱等教训，经国务院批准，将气象局收归气象部门为主领导。8月8日，广西壮族自治区人民委员会批准，自治区各级气象台站人、财、物统由气象部门管理。实行气象部门为主的领导体制。 1964年7月8日，自治区编制委员会批准，自治区气象局组织机构进行调整，设立办公室，下设秘书科、计划财务科、行政管理科、物资供应站；成立政治处，下设宣传教育科、组织科、干部科。机关行政编制40人。

1981年6月，自治区气象局完成9个地、市气象台和82个县气象站的接收工作。至此，全自治区以气象部门领导为主的新体制开始实行。 1982年，广西和全国气象部门一样，实行第二步体制改革，自上而下地改为以气象部门领导为主。 1984年12月，按照国家气象局文件《广西壮族自治区气象部门处级机构设置问题的批复》，自治区气象局下设办公室、业务管理处、科技教育处、计划财务处、物资处 (下设物资供应站、气象仪器检修所)、人事处、机关党委、纪律检查组、人工降雨办公室。同年12月14日，国家气象局《关于增设行政管理处问题的批复》，同意广西壮族自治区气象局增设行政管理处，为直属县团级事业单位，管理机关行政事务和后勤工作。

==单位荣誉==