连云港海事局下设部门、单位23个，为办公室、法规规范处（执法督察处）、综合计划处（基建装备处）、财务会计处（审计处）、人事教育处、指挥中心（连云港海上搜救中心办公室）、通航管理处（安全管理处）、船舶监督处、危管防污处、船员管理处、科技信息处、党组工作部（组织处）、纪检处、直属机关党委办公室（工会办公室）、政务中心、船员考试中心、船舶交通管理 <ref>[https://www.sohu.com/a/529125454_121106875 论海事管理机构对渔业船舶海上交通安全的管理] ，搜狐，2022-03-11</ref> 中心、盐城海事局、灌河海事处、赣榆海事处、连云海事处、墟沟海事处、后勤管理中心。截止2021年底，全局行政编制309人，事业编制16人，退休195人。

（九）负责管理、指导本局机关和所属分支机构 <ref>[https://www.sohu.com/a/231985972_221394 分支机构那些事，一文全明白！]，搜狐，2018-05-17</ref> 的海事业务、法制、规划计划、基本建设、财务会计、固定资产、规费征收、干部人事、劳动工资、技术装备、科技教育、政务信息、党群、审计、纪检监察、精神文明建设、宣传等工作。