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研究所科研范围涵盖生态保护与修复、[[自然保护]]与生物多样性、农村环境管理、有毒有害化学品生态效应与污染控制、土壤污染防治、流域生态保护与水污染防治以及固体废物污染防治等领域及研究方向。依托相关研究成果，研究所还在生态环境保护规划、有机产品认证咨询、农用化学品环境安全评估、污染场地修复及环境工程等方面开展技术咨询工作。
根据2019年2月研究所官网显示，生态环境部南京环境科学研究所有部级重点实验室3个、所属研究中心6个及所属野外观测站7个；有在职职工444人，其中中国工程院院 士1 士<ref>[https://www.sohu.com/a/451370121_260616?tc_tab=news&block=focus&index=1 涨知识｜中国工程院院士如何出炉？两年选一次，持续十个月]，搜狐，2021-02-19</ref>1 名、高级职称117人、[[博士]]130人。
===历史沿革==
中国工程院院士（1人）：蔡道基（专职）
[[国务院政府特殊津贴]] <ref>[https://www.sohu.com/a/234164469_467490 【政策】享受国务院政府特殊津贴人员 推荐相关条件解读 ]，搜狐，2018-06-05</ref> 专家（7人）：赵克强徐海根高吉喜、蒋明康、薛达元、林玉锁、阎尔平
国家“百千万人才”（2人）：高吉喜、徐海根