1958年，那霸與鄰近島嶼的機場，包括 [[ 宮古島 ]] 以及 [[ 石垣島 ]] ，在美軍接管日本下於沖繩縣成立 [[ 琉球航空 ]] 。於1967年6月20日，琉球航空由日本航空出資成立當時稱為'''日本南西航空'''（{{lang-en|'''Southwest Air Lines'''}}），並於同年7月開始營運，直至1993年7月才改成現時日本越洋航空的名稱。初期日本越洋航空以[[康維爾240]]營運，直到母公司[[日本航空]]提供資金，允許其升級為[[YS-11]]，最後[[波音737]]。當日航飛機設備發生故障時，日本越洋航空會出借飛機予日航。日本越洋航空亦為日航集團旗下的[[波音737-400]]提供維修。日本越洋航空擁有[[琉球空中通勤]]69.8%的股權。