於1552年，索南嘉措成為哲蚌寺的住持，並於1558年擔任沙拉寺的住持。1574年，為協助順利進行修法活動，他創立了「利樂善說林」，即現今的「尊勝寺」，成為達賴喇嘛私人的寺院。在第三世達賴喇嘛的時代，蒙古國王俺答汗獻上了「達賴喇嘛」的尊稱，正式確立了「達賴喇嘛」的頭銜，象徵著他擁有如大海一般的智慧。達賴喇嘛回贈俺答汗「轉輪聖王」的稱號──萬教之王。在第三世的統領下，達賴喇嘛創立了塔爾寺，並在康區建立了理塘寺。1588年，在蒙古傳授佛法的過程中，第三世達賴喇嘛寂於蒙古。