为使我国工业微生物学事业得到更加广泛和深入的发展，并能解决我国有关生产上提出的越来越多的新问题，方心芳十分注意培养人才。当中国科学院北京微生物研究室成立时，他就积极推荐了一批优秀的大学毕业生到国外学习，这些人现在已经成为我国微生物学各有关领域的学术带头人。1962年，党中央在科技界贯彻“科技十四条”，提出科技界要“出成果，出人才”时，他组织研究室的全体同志进行基本功训练，他提出下面的口号：“自学好，教人好，才是学习好；研究有成果，方是完成任务。”30多年来，他在工业微生物学的各分支领域设法物色合适人才，亲自为他们确定专业方向，提供尽可能的便利条件，要求他们在实践中努力奋斗十几二十年后成为本行业的专家。对于青年，在他们开始工作最初几年，方心芳并不把他们的工作范围定得过于狭窄，而是强调基本功训练，特别是识别各类微生物的能力，注意培养他们解决实际问题的能力。30多年来，尽管受到种种干扰，到今天，他亲手培养的高级研究人员有数十位，有的已经成为中国科学院的学部委员。

方心芳在他60多年的科学生涯中，自觉地克服一切困难，为国家、为人民解决实际问题。在选定科研课题时，始终把国家和人民的急需作为他的主要出发点。他在解决某些重大的课题中作出过自己的贡献，对关系到千家万户日常生活的小问题，也同样兢兢业业去研究。当总结从事工业微生物学研究50年的时候，他的结论是：人民的需要就是方向，国家需要工业微生物学为发展农副产品加工工业服务。需要就是催他出征的战鼓。在他上百篇的著作中，我们可以看到他那种锲而不舍的钻研精神和百折不挠的毅力。正如我国民族化学工业的拓荒者范旭东所说：“方心芳先生心目中的微生物，决不比一条牛小，他是一个忠实的牧童。”他为了祖国的需要，为认识、应用、驾驭和改造微生物付出了毕生的心血。他对我国工业微生物学发展做出了巨大的贡献。