1982年他執導電影《光陰的故事》之第三段「跳蛙」，片中流露強烈的社會意識與誠懇的觀察眼光，開啟臺灣電影新浪潮。在1997年的實驗性電影《藍月》中，他依劇本拍成紅、橙、黃、綠、藍五部短片，電影放映師可任意排列組合播放，而產生120種不同的橋段、氣氛與故事軸，但組合起來仍是一部完整的電影。

柯一正從電影與文化工作轉入政治參與，熱心投入公民運動，2012年，柯一正參與主辦「反核四 五六運動」，曾與導演[[戴立忍]]、[[陳玉勳]]、作家[[駱以軍]]、[[吳乙峰]]與[[愛亞]]等60位藝文界人士組織快閃反核活動。柯一正表示，參與主辦「反核四 五六運動」的100個禮拜中，除了自己關心的能源政策外，他接觸各種團體、傾聽各種議題，了解到台灣社會真實的結構問題，並且深感自己的世代，對下一代「掠奪太多，沒有公平地分配資源」。