后来，唐太宗召宇文士及回朝，任命为右卫大将军，经常把他召入内宫，至半夜方才放出。有时恰逢休沐日，唐太宗也会派人驰马来召。但他生性谨慎，对于在宫中的事情，回家后从不向妻子透漏。唐太宗又封他一个儿子为新城县公。在右卫任职七年后，宇文士及再次担任殿中监，又加金紫光禄大夫。当他病重时，唐太宗亲自前去探视，流涕不止。642年(贞观十六年)，宇文士及病逝，追赠左卫大将军、凉州都督，陪葬昭陵，并赐谥恭。黄门侍郎刘洎奏道：“士及生活奢侈，不应谥号恭。”于是改谥号为纵。<ref>[https://baijiahao.baidu.com/s?id=1599873411523392230&wfr=spider&for=pc 宇文士及的真正过人之处，是懂得寻找自己的真主人], 陈陈历史, 2018-05-08</ref>

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