1938年，陈无咎出任上海丹溪大学校长，接受名誉医学博士学位，国民政府特授七级嘉禾勋章，奖给“保卫桑梓”匠额。他先后担任了《 [[ 神州医药总会 ]] 》月刊主笔、中华博医学会编审主裁、中央国医馆学术委员，并主持中医学的名词统一整理工作。这一时期，是陈无咎潜心医学研究、著作频频问世的鼎盛时期。他将其一生医学钻研心得及其治病实验、教育经验写成百余万言的《 [[ 黄溪医垒 ]] 》丛书5辑，为中华医学事业作出巨大的理论贡献。《 [[ 黄溪医垒 ]] 》丛书第一辑为《 [[ 医量 ]] 》、《 [[ 医学通论 ]] 》；第二辑为《 [[ 医轨 ]] 》、《 [[ 藏腑通诠 ]] 》、《 [[ 妇科难题 ]] 》；第三辑为《 [[ 医事前提 ]] 》、《 [[ 黄溪方案 ]] 》、《 [[ 在抢室答间 ]] 》；第四辑为《 [[ 黄溪友议 ]] 》、《 [[ 刚底灵素 ]] 》、《 [[ 医壑 ]] 》等；第五辑为《 [[ 伤寒论蜕 ]] 》、《 [[ 中国儒医学案 ]] 》。[[黄元白]]（原国民政府众议员）在为陈无咎作小传中写道：“溯泗医著以来，几未有无咎之博者。中医读之，弥见奋兴，喜得导师宗匠；西医得之，深自悚蝗，不敢轻相国士。古称三不朽：立德、立言、立功，今无咎洞一术而三名俱立，此孟轲所由悬择术也……”。[[许世英]]（曾任国民政府安徽省省长、驻日大使）在该丛书著文对陈无咎推崇备至，他说：“无咎教授空邃于医学，近著《 [[ 医轨 ]] 》一书，凡人质之强弱，生理之本原，病症之虚实，药刘之取舍，融会中西，阐明意蕴，变古而不失其精，通今而不失其量，上追灵素，横贯四家，今日东方医学之正轨矣!业是术者苟能循是轨，而善师教授之意，以推得古人之意，神明而变化之，庶得其道矣。”除《 [[ 黄溪医垒 ]] 》丛书之外，陈无咎还著有《 [[ 黄溪大案 ]] 》、《 [[ 内经辨惑提纲 ]] 》、《 [[ 中华内科学讲义 ]] 》、《 [[ 金匮参衡 ]] 》等专著。

难能可贵的是，陈元咎工诗词，擅书法，<ref>[https://www.gushiwen.org/wen_2901.aspx 陈无咎的词集],古诗网</ref>还写过有关辛亥革命文章和英烈传略，如《 [[ 震悔堂文存 ]] 》、《 [[ 倚剑楼诗集 ]] 》、《 [[ 善补过斋笔记 ]] 》、《 [[ 清史论衡 ]] 》、《 [[ 无闾子 ]] 》、《 [[ 周易简解 ]] 》等书籍，都自成一家之言，可谓学识渊博，才高八斗。同辈学者由衷地赞叹：“他人有止境，而黄溪无止境也。”

1992年，以民间集资的形式，在义乌市赤岸镇朱丹溪故里建立了一座占地百亩的“ [[ 朱丹溪陵园 ]] ”。在陵园的一个山坡上，还专门增辟了丹溪学派传人虞天民和陈无咎的“纪念堂”。

陈无咎的传略己载人《 [[ 中医名人大辞典 ]] 》、《 [[ 中医名人词典 ]] 》、《 [[ 浙江历代医林人物 ]] 》诸书中。其英名将与世长存。<ref>[https://zj.zjol.com.cn/news/940940.html 乌伤名人苑 | 陈无咎：揆度求奇恒 黄溪无止境],浙江新闻，2018-05-16</ref>

《 [[ 黄溪医垒 ]] 》丛书，陈无咎著

《 [[ 义乌县志 ]] 》，义乌县志编暴委员会编，浙江人民出版社1987年9月版 《[[义乌文史资料]]》第8辑，；义乌市政协文史资料委员会编，1996年12月