当时清兵之患正炽， [[ 杨廷麟 ]] 力争主战，曾上疏痛斥朝廷中主和的大臣。杨嗣昌忌恨他，谎称杨廷麟通晓兵法，改授兵部职方主事一职，在卢象升军中效力。卢象升十分高兴，立刻命令杨廷麟往真定(今河北望都、正定)负责运送军粮。[[崇祯十一年(1639)十二月十一日]]卢象升兵进驻巨鹿(今属河北)的贾庄，仅剩五千残卒，已断粮数日。[[卢象升派遣杨廷麟求助太监高起潜于鸡泽。高起潜置之不理，卢象升军中大哭]]。杨廷麟在保定往真定路上忽闻象升全军覆没，放声大哭。而杨嗣昌本以为杨廷麟也死了，等到听说杨廷麟正好奉使在外，怅恨良久，再贬杨廷麟到江西。

[[ 李自成 ]] 攻陷北京，杨廷麟闻之恸哭，募兵勤王，知道弘光帝被拥立才停止。隆武帝即位福州，授以兵部尚书，协同守将万元吉据守赣州。隆武二年(1646)四月十四日清兵攻赣州，杨廷麟死守半年，五月，部将张安在城东梅林与清军激战失败，隆武帝于是命令郭维经为吏、兵二部尚书兼右副都御史，总理湖广、江西、广东、浙江、福建军务，督师往援。郭维经与御史姚奇胤募兵八千人入赣州，与杨廷麟、万元吉协守。六月，广东军队支援赣州。十月四日深夜，清军登城拆垛，蜂拥入城，巷战死者如麻，黎明，清军占领赣州城。城破，郭维经入嵯峨寺自焚死，姚奇胤也自杀了。万元吉投贡江而死，杨廷麟整戎佩刀赴城西清水塘投水而死。当时塘内积尸平池，杨廷麟是挤在群尸间沉入水中的。在杨廷麟的精神感召下，以身殉国的赣州地方官兵士绅百姓数以千百。清将贾熊叹道:"忠臣也!"命人用四扇门做成棺材，将杨廷麟葬在江西省赣州市南门外。