他隨後在1996年離開東京大學，轉至位於[[岡崎]]的[[國立基礎生物學研究所]]擔任教授，'''這年他巳51歲了'''。他在 這 那裡 完成了許多重要的發現，直到2009 年退休。

* 到50歲時候的大隅，還只是個副教授 -- 可以說，50歲之前，大隅的人生都算不上成功；用他自己的話來說：「我沒有什麼競爭力，所以必須尋求新的領域做研究，哪怕是並不受歡迎的領域。」 然後 ， 同年（2009）轉至[[東京工業大學]] （Tokyo Institute of Technology） 綜合研究院、前沿研究機構擔任特聘教授至今。因此，他曾感慨地說，若當初沒有離開[[東京大學]]，也許無法完成這些有關「[[細胞自噬]]」重要的發現。