早在1997年，迈克·沃特曼应邀出席在内蒙古的一个学术会议并访问北京大学，他那次访问和学术报告对中国早期计算生物学研究产生了很大的影响。2008年起，他受聘为清华大学讲席教授，领导由7位海外杰出学者组成的教授组在清华开展工作。他对我国其他高校和中科院科研所也做了很多贡献。他与北大钱敏平教授与陈永川院士领导的南开大学组合数学中心有密切的学术联系；他指导过的多位中国博士后和访问学者现已成为中科院的学术骨干。他对中国国际学术交流也作出了巨大贡献。2009年，他担任在北京召开的APBC2009大会程序委员会共同主席并做主题报告，并担任上海IJCBS国际会议名誉主席。在他的建议和帮助下，本领域最有学术影响的RECOMB年会2013年在清华大学召开。