然而，12月25日，表面支持废帝制的蔡锷和唐继尧在云南宣布起义，发动护国战争，讨伐袁世凯。贵州、广西相继响应，3月份袁世凯被迫宣布取消帝制，起用段祺瑞为国务卿兼陆军总长，企图依靠段团结北洋势力，压制南方起义力量，但起义各省没有停止军事行动。5月下旬袁世凯忧愤成疾，1916年6月6日，袁世凯因尿毒症不治而亡，时年57岁。同年8月24日正式归葬于河南安阳市。<ref>[http://www.todayonhistory.com/1/16/CaiELvHuGuoJunTaoFaYuanShiKai.html 讨伐袁世凯],今日头条，2012年7月9</ref>