然而，12月25日，表面支持废帝制的蔡锷和 [[ 唐继尧 ]] 在 [[ 云南 ]] 宣布起义，发动护国战争，讨伐袁世凯。贵州、广西相继响应，3月份袁世凯被迫宣布取消帝制，起用段祺瑞为国务卿兼陆军总长，企图依靠段团结北洋势力，压制南方起义力量，但起义各省没有停止军事行动。5月下旬袁世凯忧愤成疾，1916年6月6日，袁世凯因尿毒症不治而亡，时年57岁。同年8月24日正式归葬于河南安阳市。<ref>[http://www.todayonhistory.com/1/16/CaiELvHuGuoJunTaoFaYuanShiKai.html 讨伐袁世凯],今日头条，2012年7月9</ref>

袁世凯的英文秘书、著名外交家顾维钧旅居美国时所撰回忆录如是评价袁世凯:"袁世凯是军人出身，曾任驻朝鲜总理交涉通商事务衙门总办，僚属中也有像 [[ 唐绍仪 ]] 先生那样受过新式教育的秘书和顾问，但他完全属于旧派。和顽固的保守派相比，他似乎相当维新，甚至有些自由主义的思想，但对事物的看法则是旧派人物的那一套。他以创练新军和任直隶总督知名，是个实干家、卓越的行政官吏、领袖人物。但不知为何他却不喜欢旅行，从未到过长江以南。他为人精明，长于应付各种人物，但从未想过把才能应用在治理国家、使之走上民主化道路这一方面。"此外 [[ 顾维钧 ]] 通过自己在外交谈判中的亲身经历以及对袁世凯的观察，指出袁世凯"是一个爱国者，即他在处理对外关系中，特别是对日关系中，唯恐丧失中国的主权。"

美国历史学家 [[ 费正清 ]] 主编的《剑桥中华民国史》评价袁世凯说，"虽然袁有个人野心，也热望贯彻他自己在中国政体应该如何组织这个问题上所持的观点，但他还不是极端利己主义者，不要求别人屈从和谄媚。他冷酷无情，为了政治目的杀人如草菅。而他个人的种种工作联系却是亲切、随和的。他重视下属在政治上对他的忠诚，但并不鼓励对他个人的广泛崇拜。作为总统，他的种种过分行为，与其说是由于自我夸大引起的，还不如说是由于严格的官僚政治的观点引起的。"[67] 至于袁世凯为何迟迟不能认识到决定称帝是一件无益的事，这"既可以归咎于受到野心的蒙蔽，也可以归咎于顽固坚持对中国国情的独特分析，两者都一样恰当。"

美籍华人历史学家 [[ 唐德刚 ]] 认为袁世凯是一个"'治世能臣，乱世奸雄'的 [[ 曹操 ]] 型的人物"，评价他是"第一流的行政管理人才。大小政务一把抓。事必躬亲。其为人也，虽乏远大的政治理想，然亦雄才大略，知人善任，不治私产。虽妻妾众多，然并不沉湎于酒色。对诗词歌赋，他也颇能哼两句，但不搔首弄姿，以咏吟自傲;更无玩物丧志的恶习，收藏甚么骨董字画，品箫吹笛，风流自赏。平生所好，唯抓权秉政;纵横捭阖，他确是个不折不扣的政治动物，对政敌的斗争，也你死我活，初不稍让。"唐德刚写道:"袁世凯晚年之做皇帝，和 [[ 汪精卫 ]] 晚年之做汉奸，异曲同工，都是一失足成千古恨。流芳百世，和遗臭万年，契机只在一念之间。悲夫!"