从20世纪90年代中期开始，孔飞力把[[ 海外华人]] 移民史作为自己的研究新重点。海外移民史的研究，使他得以把中国历史与世界历史的考察融为一体，在更开阔的视野下审视中国历史和中国人，探讨海外华人与祖国、与住在国的复杂关系及其[[ 身份认同]] 、历史与现实遭际、华人社会的社会结构与文化心态等问题。他认为海外华人史是中国近代史的一部分，研究海外华人，可以了解中国人移民海外的过程，他们为什么会离开国家去移民，他们在海外的经历怎样、怎么发财？或者成功，或者失败。还有，别的民族为什么有的时候会欺负华人，有什么历史缘故？海外华人和当地的居民、政府有什么样的关系？这些关系又怎么影响到他们的前途？内容很多，它涉及人类学、经济学、政治学、社会学、[[ 宗教学]] 以及民族学和国际关系等等，所有这些学科都构成[[ 海外华人]] 研究的一部分。