龔鵬程一直對於台灣的部分「本土派」學者的台灣文學研究論點與研究方法表達不滿；1997年，他發表自著《台灣文學在台灣》，批評該類學者慣用的單線敘述法及其造成的簡化歷史等問題。2005年9月11日，玄奘大學中國語文學系兼任講師楊宗翰說，他就讀碩士班時改攻臺灣文學，因此深知，囿於文化認同上的差異，台灣許多本土派學者都非常討厭龔鵬程，卻又沒辦法跳過或忽視龔鵬程所提出的諸多尖銳質疑[2]。