南蘇丹地形呈凹槽形，東、南、西部邊境多[[丘陵]][[山地]]，中部為黏土質[[平原]]，最高峰為南部邊境的[[基涅提峰]]。

[[白尼羅河]]流域的土地肥沃，適合大規模農林牧業發展。