以下由下游至源頭列出水系主要河川,其中粗體字為主流河道:
*'''北港溪''':[[雲林縣]]、[[嘉義縣]]
**新街排水:雲林縣[[水林鄉]]、[[北港鎮 (臺灣)|北港鎮]]**埤子頭大排:嘉義縣[[新港鄉]]、[[溪口鄉 (台灣)|溪口鄉]]、[[民雄鄉]]***柳構大排:嘉義縣新港鄉、溪口鄉、民雄鄉***民雄大排:嘉義縣新港鄉、溪口鄉、民雄鄉**客仔厝大排:雲林縣[[北港鎮 (臺灣)|北港鎮]]、[[元長鄉]]、[[土庫鎮]] **[[三疊溪]]:嘉義縣[[溪口鄉 (台灣)|溪口鄉]]、雲林縣[[大埤鄉]]、嘉義縣[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]、[[民雄鄉]]、[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]***延潭大排:雲林縣大埤鄉***[[華興溪]](舊名石龜溪、到孔山溪):嘉義縣[[溪口鄉 (台灣)|溪口鄉]]、[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]、雲林縣[[大埤鄉]]、[[斗南鎮]]、[[古坑鄉]]、嘉義縣[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]****[[早知溪]]:嘉義縣[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]****[[番尾坑溪]]:雲林縣[[古坑鄉]]***[[中林溪]]:嘉義縣[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]、[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]****[[大埔美溪]]:嘉義縣[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]、[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]***[[麻園溪]]:嘉義縣[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]、[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]****[[葉子寮溪]]:嘉義縣[[大林鎮 (台灣)|大林鎮]]、[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]***[[南靖溪]]:嘉義縣[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]***[[九芎坑溪]]:嘉義縣[[梅山鄉 (台灣)|梅山鄉]]**'''[[虎尾溪]]''':雲林縣[[元長鄉]]、[[大埤鄉]]、[[土庫鎮]]、[[虎尾鎮]]、[[斗南鎮]]、[[斗六市]]、[[莿桐鄉]]、[[林內鄉]]、[[古坑鄉]]***[[大湖口溪]]:雲林縣[[大埤鄉]]、[[斗南鎮]]、[[古坑鄉]]***[[石牛溪]]:雲林縣[[虎尾鎮]]、[[斗南鎮]]、[[斗六市]]、[[古坑鄉]]****[[崙子溪]]:雲林縣[[斗南鎮]]、[[古坑鄉]]*****[[嵌頂溪]]:雲林縣[[古坑鄉]]****[[松柏坑溪]]:雲林縣[[古坑鄉]]***[[雲林溪]]:雲林縣[[斗南鎮]]、[[斗六市]]、[[古坑鄉]]****[[芭蕉溪]]:雲林縣[[斗六市]]、[[古坑鄉]]***[[乾溪]](斗六東溪):雲林縣[[斗六市]]、[[林內鄉]]***'''[[海豐崙溪]]''':雲林縣[[斗六市]]、[[古坑鄉]]****'''[[尖山坑溪]]''':雲林縣[[古坑鄉]]***[[大埔溪]](當地人稱外湖溪口以下為石榴班溪):雲林縣[[斗六市]]、[[林內鄉]]****[[外湖溪]]:雲林縣[[斗六市]]***[[石榴班溪]](當地人稱梅林溪口以下為林子頭溪,以上為埤子頭溪):雲林縣[[斗六市]]、[[古坑鄉]]****[[牛埔仔溪]]:雲林縣斗六市*****[[楓樹湖南溪]]:雲林縣[[斗六市]]****[[咬狗溪]]:雲林縣[[斗六市]]****[[梅林溪]](內林溪):雲林縣[[斗六市]]、[[古坑鄉]]****[[石仔坑溪]]:雲林縣古坑鄉****[[黃德坑溪]]:雲林縣古坑鄉****[[圳頭坑溪]]:雲林縣古坑鄉
==主要橋樑==