日军早在攻入南京之前就开始对南京周边地区的 [[ 狂轰滥炸 ]] 。1937年11月，日本陆军航空本部通过了 [[ 《航空部队使用法》 ]] ，其中第103条规定:"战略攻击的实施，属于破坏要地内包括政治、经济、产业等中枢机关，并且重要的是直接空袭市民，给国民造成极大恐怖，挫败其意志。"这是人类战争史上第一次明文规定可以在战争中直接以平民和居民街道为目标实施空袭，突破了战争伦理的底线。

这天正是著名的"[[9·19空战]]"日，敌机被我空军第四大队击落4架，击伤1架。中国空军后来的传奇人物 [[ 刘粹刚 ]] 自此一战成名。 9时20分左右，警报声又起，海军见1小时前西飞的敌机群正杂乱无章错落地返航，料定必是被我空军击败，便以排炮"欢送"。敌机惊魂未定，无心恋战，未发一枪，未掷一弹，均高速向东逃窜。下午2时30分，又传来警报声，见敌机28架，又在南京被中国空军击溃。这次，该机群未敢沿江飞行，绕开中国高射炮火有效射程返航。[2]

12月15日(日军占领第3天):已放下武器的中国军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用 [[ 机枪密集扫射 ]] ，多人当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。夜，解往鱼雷营的中国平民及已解除武装的中国军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。

12月16日(日军占领第4天):位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的中国男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅 [[ 白增荣 ]] 、 [[ 梁廷芳 ]] 二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠 杀400 杀[[400]] 余人，在阴阳营屠杀100多人。

12月18日(日军占领的第6天)夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的中国难民男女老幼共57418人，除少数已被 [[ 饿死 ]] 或 [[ 打死 ]] ，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。

1937年12月13日，《东京日日新闻》(即现在《每日新闻》)报道两名日本军官的" [[ 杀人竞赛]]"。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约"杀人竞赛"，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向[[井敏明 ]] 杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，"竞赛"继续进行]] 。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。 [[ 野田谓 ]] 杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。这些暴行都一直在报纸上图文并茂连载，被称为" [[ 皇军的英雄]]"。日本投降后，这两个战犯终以在作战期间，共同连续屠杀俘虏及非战中人员"实为人类蟊贼，文明公敌"的罪名在南京执行枪决。

据1946年2月中国南京军事法庭查证:日军集体大屠杀28案，19万人，零散屠杀858案 ，15 ，[[15 万 ]] 人。日军在南京进行了长达6个星期的大屠杀，中国军民被枪杀和活埋者 达30 达[[30 多万人 ]] 。

日军侵占南京期间 [[ 强奸 ]] 了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行强暴。有些妇女被日军强奸了好几次，往往有妇女受不住日军的折磨而死。除此之外，日军还强迫乱伦行为。估计当时发生的强暴案可能超 过20000 过[[20000 宗 ]] 。