黄琼早年因父荫获授太子舍人，五府又共同征辟，他都不应。永建年间，征拜为议郎，迁尚书仆射，进位尚书令，出任魏郡太守。建和初年，迁太常。历任司空、太仆、司徒、太尉等职，遍历三公，后因得罪大将军梁冀而被罢免，复任大司农。梁冀被诛杀后，再次出任太尉，封邟乡侯，因灾异被免。官至司空。

延熹七年(164年)，黄琼逝世，年七十九。获赠车骑将军，谥号"忠"。