從前東港溪的主流上游為水量豐沛的[[隘寮溪]]，其源頭位於[[遙拜山]]。1938年修築完成隘寮溪南岸長堤，導引溪水向西北流入[[荖濃溪]]；其後又興建一連串的堤防，以切斷隘寮溪南側各分流。從此隘寮溪變成荖濃溪的支流，東港溪遂改以[[萬安溪]]為主要的源流，其河長與流量均大幅減少。<ref> 楊萬全，高屏 [https://e-info.org.tw/node/102740 重現東港 溪 流域和屏東平 原 的 水 風貌 屏東NGOs尋求公私部門合作]，環境 資 源，台灣水文論文集，2000年5月，第562頁訊中心，2014-10-15</ref> 。