副本流传至清代，并没有受到重视。到雍正年间，《大典》才由 [[ 皇史宬 ]] 移藏到翰林院，一些学士和编修官才得有借阅机会。乾隆初年清代学者全祖望考中进士后，被分到庶常馆学习，曾有机会见到这部书，大加称赞，并抄出《宋元图经》等海内孤本若干种，并且写了一篇《抄永乐大典记》，详记其事。乾隆三十八年(1773)，清政府纂修《四库全书》，此时《大典》已缺佚两千余卷，但仍从其中辑出佚书五百余种，其保存文献资料的巨大价值，可见一斑。 [[ 道光 ]] 以后，清室日趋衰败，官吏乘机盗窃，《大典》逐渐流失损坏。但《永乐大典》最大的厄运，还在此后。 [[ 咸丰 ]] 十年(1860) [[ 英法联军 ]] 和光绪二十六年(1900) [[ 八国联军 ]] 两次侵入北京，侵略者大肆焚烧劫掠，许多宝贵的文物丧失殆尽，《永乐大典》也同样遭到浩劫，部分被烧毁，部分被抢走，所余寥寥无几，言之令人痛心。剩下的约400册零本被8个国家和地区的30个机构收藏。即使是这样，《永乐大典》这部奇书在今天仍然以其巨大的资料和文物价值而受到学者们的青睐。