後小松天皇是[[後圓融天皇]]第一皇子。其生母是[[內大臣]][[三條公忠]]之女，通陽門院[[三條嚴子]]。後小松天皇從小在[[日野西資教]]家中長大，[[1382年]]時移居到[[足利義滿]]家，同年接受父親[[後圓融天皇]]的讓位，成為[[天皇]]。當時雖然由後圓融上皇開設[[院政]]，但事實上朝廷已經威權掃地，[[室町幕府]]的[[征夷大將軍|將軍]][[足利義滿]]擁有淩駕於上皇的權力。<ref>[https://zhidao.baidu.com/question/294329992.html 一休和尚的父亲是谁?到底是后醍醐天皇?还是后小松天皇?_百度知道] 3个回答 - 回答时间: 2016年11月23日 - 4人觉得有用 最佳答案: 是后小松天皇。 一休宗纯禅师,京都人,名千菊丸,自号狂云子、梦闺、瞎驴等。据《一休和尚年谱》指出,一休1394年1月1日生于京都,父亲是后小松天皇,...</ref>

後圓融上皇對此非常不滿，同足利義滿的關係惡劣，兩人經常發生衝突。[[三條嚴子]]生下後小松天皇後不久，後圓融天皇懷疑其與足利義滿通姦，將嚴子毆打了一頓。作家[[海音寺潮五郎]]據此懷疑後小松天皇可能是足利義滿的私生子。

後小松天皇早期就是在上皇與幕府將軍勾心鬥角這種險惡的狀態下度過的。在後小松天皇即位後第十年（[[1392年]]），南北朝宣告統一，南朝的[[後龜山天皇]]以[[兩統迭立]]為條件，交出[[三神器]]並且退位。後龜山天皇退隱到了[[京都]]的[[大覺寺]]，被尊為「[[太上天皇]]」。