"大典犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。兼及释道欠精覆，久阅沧桑惜弗全。"这首七言绝句出自乾隆皇帝之手，诗中赞赏永乐皇帝编纂《永乐大典》的良苦用心，对《永乐大典》收集佛、道典籍进行了批评，感叹历尽沧桑的大典流传下来已经不完整了。短短四句话，昭示了 [[ 乾隆 ]] 皇帝对《永乐大典》的认识。乾隆朝对《永乐大典》的挖掘和利用也都由这四句话看出端倪。

经过明代的战乱，《永乐大典》副本已经有所散失了。在皇史宬发现大典的 [[ 徐干学 ]] 说过，大典"鼎革时亦有佚失"。可是乾隆三十七年(1772年)开四库全书馆时，《永乐大典》的缺失还是得到了乾隆皇帝的重视。当时因要从大典中辑佚失传的典籍，进行了一次清查，发现大典缺失了2422卷。乾隆皇帝深为叹息，下令在全国寻找丢失的《大典》，特别要在书贾坊林间"留心体访"。有人猜测，最早发现大典的徐干学、 [[ 高士奇 ]] 、 [[ 王鸿绪 ]] 等人经常利用此书，可能把一部分带回 [[ 浙江 ]] 老家去了。乾隆皇帝就给两江总督高晋、浙江巡抚三宝下了密令，要他们去徐、高等人家中宣示，大典是官物，即使当年拿回家，也是无意收藏，只要交出，概不追究。可是徐、高后人坚持说没有见过大典，最后只得无功而返。这时却发生了一件有意思的事。有个四库全书馆的纂修官黄寿龄私自把六册大典带回家中阅读，被人盗去。事发之后，乾隆皇帝闻讯十分恼火，严令缉捕、找回大典。最后盗人丧胆，趁夜悄悄将大典放到御河桥边，终被追回。而 [[ 黄寿龄 ]] 也被处罚俸3年。

乾隆三十八年(1773年)，四库全书馆设立了"校勘《永乐大典》散篇办书处"，辑校《永乐大典》中的古书，共得经、史、子、集四部书385种，4946卷。取得的成绩固然很大，但也有很多古籍未能辑出。事后，馆臣们认为"菁华已尽，糟粕可捐"，草草收场。 [[ 道光 ]] 后，《永乐大典》被弃置在翰林院，无人过问。一些官员趁机大行偷盗之事。根据清末 [[ 缪荃孙 ]] 的记载，当时 [[ 翰林院 ]] 的官员早晨进翰林院办公时随身携带一件棉袍，打成包袱的样子背在肩上；下午离开翰林院时把棉袍穿在身上，包一册《永乐大典》出来，看守人员毫无觉察。像文廷式这样的学者也通过这样的手法偷盗《永乐大典》，数量达到100多册。《永乐大典》流出宫后，有的被洋人高价收购，更加剧了它的流散。 [[ 光绪 ]] 元年重修翰林院衙门时，清点《永乐大典》，只剩5000多册。20年后再清点，竟然只存800册。一部大书，几乎被偷光了。

1900年6月，《永乐大典》副本最后的劫难到了──当时 [[ 八国联军 ]] 进攻 [[ 北京 ]] ，与围攻英国使馆的义和团发生冲突。英国使馆毗邻翰林院，在冲突中成为战场。据英国人 [[ 威尔 ]] 的《庚子使馆被围记》记载，冲突中有人将火把抛进翰林院中，翰林院顿时着起大火，排积成行、一望无尽的藏书遭受空前浩劫。贮存《永乐大典》的敬一亭也被烧毁。"龙式池及井中，均书函狼籍，为人所抛弃。有绸面华丽之书，皆手订者；又有善书人所书之字，皆被人随意搬移。"《永乐大典》的大部分在这次浩劫中被焚，剩下的有的被修了工事，有的被垫了马槽。译学馆的刘可毅一人就在洋人的马槽下拣到数十册《永乐大典》。《永乐大典》副本被毁殆尽。

[[ 英国 ]] 人从这次焚毁《永乐大典》的事件中得益最多。使馆有个叫翟里斯的官员从翰林院的废墟中拣来一些《永乐大典》，其中的卷13345还被当做战利品赠送给他的父亲。威尔记载，英国使馆中研究中国文学者见到如此宝贵之书，是平时绝对见不到的，都想拣选，"在火光中觅一路，抱之而奔"。从此，《永乐大典》流散到民间和国外，成为各藏书单位争相收藏的物件。

在收藏《永乐大典》的外国当中，日本的收藏是最多的。 [[ 日本 ]] 的东洋文库号称世界五大 [[ 亚洲 ]] 学研究中心之一，它的许多藏书都来源于中国。东洋文库是接收英国人 [[ 莫利逊 ]] 的藏书起家的，在莫利逊文库中就有他在庚子事变中得来的5册《永乐大典》。东洋文库还委托北京等地书坊代购《永乐大典》。1943年，大连满铁图书馆的松冈洋右与东洋文库一起，从湖州刘承乾嘉业堂处购得49册《永乐大典》，这些《永乐大典》一直放在满铁图书馆，直到1945年大连被苏联红军占领后，被当作战利品运往 [[ 苏联 ]] 。

2014年11月7日，在 [[ 美国 ]][[ 洛杉矶 ]] 亨廷顿图书馆，参观者在一次小范围展出上拍摄《永乐大典》。位于洛杉矶的亨廷顿图书馆在馆藏书籍中偶然发现一册《永乐大典》嘉靖手抄本<ref>[http://www.docin.com/p-947555145.html 靖手抄本《永乐大典》存一叶　传在废纸中找到]，豆丁网，2014-11-01</ref>。这册《永乐大典》包括两卷：第10270卷《教世子》及102071卷《文王世子篇》，主要讲述了皇室家族应当怎样教育皇子，其中大量引用了《礼记》等12部文献，包括4部现已完全失传的文献。该卷由曾经在中国传教的怀挺传教士于1900年带回美国，并传给子女，他的女儿在1968年将它赠与亨廷顿图书馆。亨廷顿图书馆于2014年12月13日起为《永乐大典》举行特别展出，将这部封尘已久的古书呈现给参观者。